Chercheur.es principaux
de l'Institut du cancer
Rosalind et Morris
Goodman
Le laboratoire Roy à l'Institut du cancer Rosalind et Morris Goodman intègre les connaissances cliniques aux technologies moléculaires pour faire progresser le diagnostic et le traitement des mélanomes rares. En tant que clinicien-chercheur et dermatopathologiste au Centre universitaire de santé McGill, le Dr Simon Roy apporte une perspective translationnelle à la recherche sur le cancer au GCI, diagnostiquant les cancers de la peau au CUSM tout en étudiant leurs mécanismes moléculaires au GCI pour améliorer les résultats thérapeutiques.
La recherche du Prof. Roy se concentre sur la compréhension des mécanismes épigénétiques de la progression tumorale, des métastases et de la résistance à l'immunothérapie dans les sous-types rares de mélanome, incluant le mélanome acral, grâce aux approches de biologie spatiale et computationnelle. Le laboratoire s'attaque aux disparités en santé en étudiant les mélanomes qui affectent de manière disproportionnée les patients ayant une peau de couleur.
Le laboratoire développe des pipelines bioinformatiques qui intègrent l'analyse de méthylation de l'ADN à l'échelle du génome, la cartographie de l'expression génique spatiale et les études de localisation protéique pour établir des perspectives mécanistiques et identifier des biomarqueurs. Ces approches intégrées permettent la découverte de cibles thérapeutiques pour l'oncologie de précision dans diverses populations de patients.
Le laboratoire emploie également des cultures de tranches tumorales de 200 microns, qui préservent le microenvironnement tumoral 3D natif pour tester des combinaisons de médicaments et modéliser les réponses thérapeutiques. Cette plateforme ex vivo fait le pont entre les découvertes de laboratoire et les applications cliniques en maintenant les interactions cellulaires complexes trouvées dans les tumeurs de patients.
Recherche
en cours
- Développement de pipelines computationnels multi-omiques Nous faisons continuellement progresser nos capacités bioinformatiques pour gérer des ensembles de données multi-omiques spatiales de plus en plus complexes. Nos flux de travail computationnels intègrent les données d'expression génique spatiale, les patterns de localisation protéique et les modifications épigénétiques provenant des mêmes sections tissulaires, créant des cartes moléculaires de la biologie tumorale. Notre programme de recherche maintient la flexibilité pour incorporer les technologies émergentes et s'adapter aux nouvelles découvertes dans les domaines en évolution rapide de la biologie spatiale et de l'oncologie de précision. Computational Multiomics Pipeline Development We are continuously advancing our bioinformatic capabilities to handle increasingly complex spatial multi-omics datasets. Our computational workflows integrate spatial gene expression data, protein localization patterns, and epigenetic modifications from the same tissue sections, creating molecular maps of tumor biology. Our research program maintains flexibility to incorporate emerging technologies and adapt to new discoveries in the rapidly evolving fields of spatial biology and precision oncology.
- Modélisation ex vivo 3D de la résistance à l'immunothérapie Nous avons développé une plateforme de culture de tranches tumorales ex vivo qui préserve le microenvironnement tumoral naturel pour étudier la résistance à l'immunothérapie et tester de nouvelles combinaisons de médicaments. Ce système « d'avatar de patient » maintient les interactions cellulaires complexes trouvées dans les tumeurs réelles, nous permettant de mieux prédire comment les patients pourraient répondre aux traitements.
En utilisant cette plateforme, nous testons les réponses aux approches d'immunothérapie actuelles et émergentes, évaluons les thérapies combinées incluant les régulateurs épigénétiques et les conjugués anticorps-médicament, et analysons comment les traitements changent le paysage immunitaire dans les tumeurs. Nos pipelines bioinformatiques traitent les données de transcriptomique spatiale et de protéomique résultantes pour identifier les patterns qui prédisent le succès ou l'échec thérapeutique et identifier et valider de nouveaux biomarqueurs. 3D Ex Vivo Modeling of Immunotherapy Resistance We have developed an ex vivo tumor slice culture platform that preserves the natural tumor microenvironment to study immunotherapy resistance and test novel drug combinations. This "patient avatar" system maintains the complex cellular interactions found in actual tumors, allowing us to better predict how patients might respond to treatments.
Using this platform, we test responses to current and emerging immunotherapy approaches, evaluate combination therapies including epigenetic regulators and antibody-drug conjugates, and analyze how treatments change the immune landscape within tumors. Our bioinformatic pipelines process the resulting spatial transcriptomic and proteomic data to identify patterns that predict treatment success or failure and identify and validate novel biomarkers.
- Épigénétique spatiale et circulante des sous-types rares de mélanome Nous étudions le paysage épigénétique du mélanome acral, un sous-type rare qui représente une des formes les plus communes de mélanome chez les patients ayant une peau de couleur, mais qui demeure critiquement peu étudié. Notre approche combine l'analyse de l'ADN tumoral circulant avec des études tissulaires pour identifier les patterns de méthylation de l'ADN associés aux mauvais résultats de survie.
Notre plateforme de recherche intégrée inclut le profilage de méthylation à l'échelle du génome pour identifier les régions régulatrices clés dans diverses cohortes de patients, jumelé au génotypage spécifique à l'ascendance utilisant la technologie de puces SNP pour caractériser les ascendances génétiques de nos participants d'étude. Cela nous permet de développer des modèles prédictifs véritablement inclusifs qui tiennent compte de la diversité génétique.
Nous utilisons des pipelines bioinformatiques avancés pour intégrer les données de transcriptomique spatiale avec nos découvertes de méthylation, cartographiant comment les voies régulées épigénétiquement fonctionnent dans différentes régions du microenvironnement tumoral. Nos approches computationnelles nous permettent de corréler les signatures de méthylation avec les changements d'expression génique et les résultats de survie et de réponses cliniques, créant des cartes moléculaires multidimensionnelles de la progression de la maladie.
Notre objectif est de développer des biomarqueurs non invasifs pour la détection précoce et le suivi thérapeutique tout en comblant le fossé de recherche critique pour les populations sous-représentées dans les études des sous-types rares de mélanomes. Spatial and Circulating Epigenetics of Rare Melanoma Subtypes We are investigating the epigenetic landscape of acral melanoma, a rare subtype that represents the most common form of melanoma in patients with skin of color yet remains critically understudied. Our approach combines circulating tumor DNA analysis with tissue-based studies to identify DNA methylation patterns associated with poor survival outcomes.
Our integrated research platform includes genome-wide methylation profiling to identify key regulatory regions in diverse patient cohorts, paired with ancestry-specific genotyping using SNP chip technology to characterize the genetic ancestries of our study participants. This allows us to develop truly inclusive predictive models that account for genetic diversity.
We use advanced bioinformatic pipelines to integrate spatial transcriptomics data with our methylation findings, mapping how epigenetically regulated pathways function within different regions of the tumor microenvironment. Our computational approaches allow us to correlate methylation signatures with gene expression changes and clinical outcomes, creating multi-dimensional molecular maps of disease progression.
Our goal is to develop non-invasive biomarkers for early detection and treatment monitoring while addressing the critical research gap for underrepresented populations in melanoma studies.
- Assistant Professeur Clinique, Département de Pathologie
- Investigateur Principal, Institut du Cancer Rosalind et Morris Goodman
- Dermatopathologiste, Section de Dermatopathologie, Centre Universitaire de Santé McGill- Site Glen
- Bourse de formation pour cliniciens-chercheurs du Réseau des centres du Marathon de l’espoir 2025-2028
- Bourse de recherche en dermatologie de la Melanoma Research Alliance 2023-2024
- Bourse postdoctorale des IRSC 2023-2025
- Bourse postdoctorale du FRQS 2023-2025
Équipe
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